法蘭克福大學(xué)創(chuàng)辦的歷史可以追溯到1890年，F(xiàn)ranz Adickes 擔(dān)任法蘭克福市長任內(nèi)。他認(rèn)為隨著產(chǎn)業(yè)與文化的進展，本市應(yīng)設(shè)立一所大學(xué)。當(dāng)?shù)剜l(xiāng)紳望族與知識份子紛紛響應(yīng)籌建，在德皇威廉二世1914年下詔將學(xué)校定名為普魯士國立的“法蘭克福大學(xué)”之前，學(xué)校早已開始從事教學(xué)研究工作，又因建設(shè)經(jīng)費主要透過民間集資而來，并非國家主導(dǎo)，當(dāng)時故有“市民大學(xué)”（德語：Die Bürgeruniversität）之美稱。其中又以銀行家喬治詩貝亞的遺孀，F(xiàn)ranziska Speyer 夫人捐贈的1400萬金馬克最為關(guān)鍵，讓法蘭克福大學(xué)躍升為當(dāng)時首都柏林以外，設(shè)備最齊整的大學(xué)。此一發(fā)展基礎(chǔ)在德國大學(xué)史上寫下富有特色的一頁。
法蘭克福大學(xué)正式建于1914年，目前已發(fā)展成為德國最有名望的大學(xué)之一。它是靠法蘭克福市民的捐贈建立起來的。捐贈是法蘭克福的傳統(tǒng)，多年來企業(yè)、團體和普通市民眾多的捐贈活動讓這一傳統(tǒng)一直保持著生命力。捐贈基金由大學(xué)的朋友和支持者共同管理。
大學(xué)與臨近的達姆斯塔特技術(shù)大學(xué)和美因茲大學(xué)以及當(dāng)?shù)氐目蒲袡C構(gòu)在多方面都有密切合作。作為當(dāng)?shù)乜蒲袡C構(gòu)的領(lǐng)導(dǎo)者，該大學(xué)將積極投身于萊因-美茵地區(qū)的發(fā)展建設(shè)視為己任和挑戰(zhàn)。憑借其科技實力和實踐經(jīng)驗，這座大學(xué)已成為社會、政治、經(jīng)濟和文化課題的解決中心。
1932年，以德國最受景仰的人文思想家歌德之名為大學(xué)命名，直到今日。據(jù)此，法蘭克福大學(xué)又被稱作歌德大學(xué)（德語：Goethe-Universität），簡稱“歌大”（德語：Goethe-Uni），并與市內(nèi)其他采用法蘭克福城市名的高等院校作出區(qū)別。
1950年代以后，新馬克思主義學(xué)者們在法蘭克福大學(xué)大放異彩，“法蘭克福學(xué)派”之名不脛而走，成為二十世紀(jì)后半葉影響世界政治、經(jīng)濟、法律、社會重要的批判思潮。2014年，在歐洲大學(xué)史上相對年輕的法蘭克福大學(xué)正式迎來百年校慶，并遴選新校長。2015年一月，由經(jīng)濟學(xué)家沃爾芙（德語：Birgitta Wolff）教授出任創(chuàng)校百年首位女性校長。
