長(zhǎng)崎大學(xué)是位于長(zhǎng)崎縣長(zhǎng)崎市的日本國(guó)立大學(xué)、舊六所醫(yī)科官立大學(xué)之一。1949年由長(zhǎng)崎醫(yī)科大學(xué)、長(zhǎng)崎醫(yī)科大學(xué)附屬藥學(xué)專(zhuān)門(mén)部、長(zhǎng)崎經(jīng)濟(jì)專(zhuān)門(mén)學(xué)校(二戰(zhàn)前為長(zhǎng)崎高等商業(yè)學(xué)校)、長(zhǎng)崎師范學(xué)校、長(zhǎng)崎青年師范學(xué)校、長(zhǎng)崎高等學(xué)校合并而成。日本歷史最悠久的公立醫(yī)學(xué)校，醫(yī)學(xué)部前身長(zhǎng)崎醫(yī)科大學(xué)在1945年8月9日受到原子彈轟炸。
長(zhǎng)崎大學(xué)前身始于1857年荷蘭海軍軍醫(yī)PompevonMeerdervoort開(kāi)辦的醫(yī)學(xué)傳習(xí)所。1901年設(shè)立長(zhǎng)崎醫(yī)學(xué)專(zhuān)門(mén)學(xué)校，1923年成為長(zhǎng)崎醫(yī)科大學(xué)的同時(shí)，縣立長(zhǎng)崎醫(yī)院被國(guó)家托付給長(zhǎng)崎醫(yī)科大學(xué)而成為了它的附屬醫(yī)院。另外，與醫(yī)科大學(xué)同時(shí)設(shè)立的還有附屬醫(yī)學(xué)專(zhuān)門(mén)部以及附屬藥學(xué)專(zhuān)門(mén)部，此外，還開(kāi)設(shè)了附屬醫(yī)院婦產(chǎn)護(hù)士培訓(xùn)所。
1874年，明治政府設(shè)立小學(xué)教則講習(xí)所，開(kāi)始了師范教育。此后，1878年演變?yōu)殚L(zhǎng)崎縣師范學(xué)校，到1943年成為長(zhǎng)崎師范學(xué)校。1905年設(shè)立的長(zhǎng)崎高等商業(yè)學(xué)校到1944年成為長(zhǎng)崎經(jīng)濟(jì)專(zhuān)門(mén)學(xué)校。藥學(xué)部始于1890年設(shè)立的第五高等中學(xué)醫(yī)學(xué)部藥學(xué)科，1923年成為長(zhǎng)崎醫(yī)科大學(xué)的附屬藥學(xué)專(zhuān)門(mén)部。水產(chǎn)學(xué)部則始于1921年在長(zhǎng)崎師范學(xué)校里設(shè)立的長(zhǎng)崎縣實(shí)業(yè)補(bǔ)習(xí)學(xué)校教員培訓(xùn)所，到1944年成為長(zhǎng)崎青年師范學(xué)校。
1949年5月31日，根據(jù)國(guó)立學(xué)校設(shè)置法，包括舊制的長(zhǎng)崎醫(yī)科大學(xué)、長(zhǎng)崎醫(yī)科大學(xué)附屬藥學(xué)專(zhuān)門(mén)部、長(zhǎng)崎經(jīng)濟(jì)專(zhuān)門(mén)學(xué)校、長(zhǎng)崎師范學(xué)校、長(zhǎng)崎青年師范學(xué)校、長(zhǎng)崎高等學(xué)校在內(nèi)，成立了新制大學(xué)，包括學(xué)藝學(xué)部(現(xiàn)教育學(xué)部)、經(jīng)濟(jì)學(xué)部、醫(yī)學(xué)部、藥學(xué)部、水產(chǎn)學(xué)部5個(gè)學(xué)部，以及附屬圖書(shū)館、風(fēng)土病研究所（現(xiàn)熱帶醫(yī)學(xué)研究所），學(xué)藝學(xué)部附屬小學(xué)、中學(xué)、幼兒園和附屬于醫(yī)學(xué)部的醫(yī)院和護(hù)士培訓(xùn)設(shè)施。此后，分別于1966年開(kāi)設(shè)工學(xué)部，1979年開(kāi)設(shè)齒學(xué)部，1997年開(kāi)設(shè)環(huán)境科學(xué)部。
研究生院則分別于1955年開(kāi)設(shè)醫(yī)學(xué)研究科，1965年開(kāi)設(shè)藥學(xué)研究科，1970年開(kāi)設(shè)水產(chǎn)科學(xué)研究科（現(xiàn)生產(chǎn)科學(xué)研究科博士前期課程），1976年開(kāi)設(shè)工學(xué)研究科（現(xiàn)生產(chǎn)科學(xué)研究科博士前期課程），1986年開(kāi)設(shè)齒學(xué)研究科。1988年以工學(xué)部和水產(chǎn)學(xué)部為母體開(kāi)設(shè)海洋生產(chǎn)科學(xué)研究科（現(xiàn)生產(chǎn)科學(xué)研究科博士后期課程）。1994年開(kāi)設(shè)教育學(xué)研究科，1995年開(kāi)設(shè)經(jīng)濟(jì)學(xué)研究科，2002年開(kāi)設(shè)環(huán)境科學(xué)研究科（現(xiàn)生產(chǎn)科學(xué)研究科博士前期課程）。另外，在2002年醫(yī)學(xué)研究科、齒學(xué)研究科、藥學(xué)研究科合并后設(shè)立了醫(yī)齒藥學(xué)綜合研究科。
