學(xué)部

　　教育學(xué)部

　　経済學(xué)部

　　醫(yī)學(xué)部

　　歯學(xué)部

　　薬學(xué)部

　　工學(xué)部

　　環(huán)境科學(xué)部

　　水產(chǎn)學(xué)部

　　醫(yī)療技術(shù)短期大學(xué)部(因?yàn)楦慕M為四年制醫(yī)學(xué)部保健學(xué)科，2002年度以后停止招生）

　　大學(xué)院

　　教育學(xué)研究科

　　教職實(shí)踐專業(yè)（專業(yè)學(xué)位課程，教職大學(xué)院）

　　教科實(shí)踐專業(yè)（修士課程）

　　經(jīng)濟(jì)學(xué)研究科（博士前期課程·博士后期課程）

　　工學(xué)研究科（2011年（平成23年）度比生產(chǎn)科學(xué)研究科從改組）

　　綜合工學(xué)專業(yè)（博士前期課程）

　　生產(chǎn)系統(tǒng)工程專業(yè)（博士后期課程）

　　綠色系統(tǒng)創(chuàng)建科學(xué)專業(yè)（5年一貫博士課程）

　　水產(chǎn)·環(huán)境科學(xué)綜合研究科（2011年（平成23年）度比生產(chǎn)科學(xué)研究科從改組）

　　水產(chǎn)學(xué)專業(yè)（博士前期課程）

　　環(huán)境保全設(shè)計(jì)專業(yè)（博士前期課程）

　　環(huán)境共生政策學(xué)專攻（博士前期課程）

　　海洋環(huán)境資源學(xué)專攻（博士后期課程）

　　海洋場生命科學(xué)專業(yè)（5年一貫博士課程）

　　醫(yī)齒藥學(xué)綜合研究科

　　修士課程

　　熱帶醫(yī)學(xué)專業(yè)

　　保健學(xué)專業(yè)

　　生命科學(xué)專業(yè)藥

　　博士課程

　　醫(yī)療科學(xué)專攻

　　新興感染癥病情控制學(xué)系專業(yè)

　　放射線醫(yī)學(xué)科學(xué)專攻

　　博士后期課程

　　生命科學(xué)專業(yè)藥

　　國際健康開發(fā)研究科（修士課程）

　　國際健康開發(fā)專業(yè)

　　附直研究所

　　長崎大學(xué)熱帶醫(yī)學(xué)研究所（坂本，通稱：熱研）