長崎大學(xué)前身始于1857年荷蘭海軍軍醫(yī)Pompe von Meerdervoort開辦的醫(yī)學(xué)傳習(xí)所。1901年設(shè)立長崎醫(yī)學(xué)專門學(xué)校,1923年成為長崎醫(yī)科大學(xué)。

　　1874年，明治政府設(shè)立小學(xué)教則講習(xí)所，開始了師范教育。此后，1878年演變?yōu)殚L崎縣師范學(xué)校，到1943年成為長崎師范學(xué)校。1905年設(shè)立的長崎高等商業(yè)學(xué)校到1944年成為長崎經(jīng)濟(jì)專門學(xué)校。藥學(xué)部始于1890年設(shè)立的第五高等中學(xué)醫(yī)學(xué)部藥學(xué)科，1923年成為長崎醫(yī)科大學(xué)的附屬藥學(xué)專門部。水產(chǎn)學(xué)部則始于1921年在長崎師范學(xué)校里設(shè)立的長崎縣實(shí)業(yè)補(bǔ)習(xí)學(xué)校教員培訓(xùn)所，到1944年成為長崎青年師范學(xué)校。

　　學(xué)校沿革

　　1949年　新制長崎大學(xué)設(shè)置（學(xué)藝學(xué)部、經(jīng)濟(jì)學(xué)部、醫(yī)學(xué)部、藥學(xué)部、水產(chǎn)學(xué)部等五學(xué)部）

　　1951年　商業(yè)短期大學(xué)部設(shè)立

　　1966年　工學(xué)部設(shè)立

　　1966年　學(xué)藝學(xué)部改稱教育學(xué)部長崎大學(xué)1979年　齒學(xué)部設(shè)立

　　1984年　醫(yī)療技術(shù)短期大學(xué)部設(shè)立

　　1984年　商業(yè)短期大學(xué)部改稱商科短期大學(xué)部

　　1997年　環(huán)境科學(xué)部設(shè)立

　　2000年　商科短期大學(xué)部廢止

　　2004年　根據(jù)國立大學(xué)法人法，改為國立大學(xué)法人