長崎大學前身始于1857年荷蘭海軍軍醫(yī)Pompe von Meerdervoort開辦的醫(yī)學傳習所。1901年設立長崎醫(yī)學專門學校,1923年成為長崎醫(yī)科大學。

　　1874年，明治政府設立小學教則講習所，開始了師范教育。此后，1878年演變?yōu)殚L崎縣師范學校，到1943年成為長崎師范學校。1905年設立的長崎高等商業(yè)學校到1944年成為長崎經(jīng)濟專門學校。藥學部始于1890年設立的第五高等中學醫(yī)學部藥學科，1923年成為長崎醫(yī)科大學的附屬藥學專門部。水產(chǎn)學部則始于1921年在長崎師范學校里設立的長崎縣實業(yè)補習學校教員培訓所，到1944年成為長崎青年師范學校。

　　學校沿革

　　1949年　新制長崎大學設置（學藝學部、經(jīng)濟學部、醫(yī)學部、藥學部、水產(chǎn)學部等五學部）

　　1951年　商業(yè)短期大學部設立

　　1966年　工學部設立

　　1966年　學藝學部改稱教育學部長崎大學1979年　齒學部設立

　　1984年　醫(yī)療技術短期大學部設立

　　1984年　商業(yè)短期大學部改稱商科短期大學部

　　1997年　環(huán)境科學部設立

　　2000年　商科短期大學部廢止

　　2004年　根據(jù)國立大學法人法，改為國立大學法人