截止2007年，大學主體由7個系，1個學院和1個研究所組成：

　　科學系（lafacultédessciences）

　　醫(yī)學系（lafacultédemédecine）

　　文學系（lafacultédeslettres）

　　經濟與社會科學系（lafacultédesscienceséconomiquesetsociales）

　　法學系（lafacultédedroit）

　　神學系（lafacultédethéologie）

　　心理學和教育學系（lafacultédepsychologieetdessciencesdel'éducation）

　　翻譯學院（Écoledetraductionetd'interprétation）

　　建筑學研究所（Institutd'architecture）

　　大學的從屬學院還包括八個系屬學校和跨系別研究中心：

　　法語文化及語言學校（Écoledelangueetdecivilisationfrançaises）（文學系下屬）

　　體育教育學校（Écoled'éducationphysiqueetdesport）（醫(yī)學系下屬）

　　大學信息中心（Centreuniversitaireinformatique）

　　大學人口生態(tài)學及環(huán)境科學中心（Centreuniversitaired'écologiehumaineetdessciencesdel'environnement）

　　大學能源問題研究中心（Centreuniversitaired'étudedesproblèmesdel'énergie）

　　老年問題中心（Centreinterfacultairedegérontologie）

　　宗教改革史研究所（Institutd'histoiredelaréformation）

　　日內瓦大學歐洲中心（Instituteuropéendel'universitédeGenève）

　　以下獨立學院也依托于日內瓦大學：

　　高級國際關系及發(fā)展學院（Institutdehautesétudesinternationalesetdudéveloppement），2008年由原國際高等教育學院（Institutdehautesétudesinternationales）和國際發(fā)展學院（Institutuniversitaired’étudesdudéveloppement）合并而成

　　Bossey神學院（Institut?cuméniquedeBossey）