據(jù)學校官網(wǎng)顯示，澳門科技大學建有2個國家重點實驗室、5個教育部研究基地、1個省級實驗室、3個中國科學院聯(lián)合實驗室，1個中國社會科學院聯(lián)合研究中心、19個校級研究所及研究院。
國家重點實驗室：中藥質(zhì)量研究國家重點實驗室、月球與行星科學國家重點實驗室。
教育部研究基地：澳門傳媒中心、澳門會計研究中心、澳門海洋發(fā)展中心、澳門知識產(chǎn)權(quán)研究中心、中醫(yī)藥防治腫瘤轉(zhuǎn)化醫(yī)學研究聯(lián)合實驗室。
廣東省重點實驗室：粵港澳智能微納光電技術(shù)聯(lián)合實驗室。
中國科學院聯(lián)合實驗室：澳門科技大學-中國科學院自動化所智慧科學與系統(tǒng)聯(lián)合實驗室、澳門科技大學-中國科學院生態(tài)環(huán)境研究中心澳門環(huán)境科學與環(huán)境管理聯(lián)合實驗室、澳門科技大學-中國科學院月球與深空探測伙伴實驗室。
中國社會科學院聯(lián)合研究中心：中國歷史研究院澳門歷史研究中心。
校級研究所及研究中心：澳門材料科學與工程研究院、太空科學研究所、澳門系統(tǒng)工程研究所、下一代互聯(lián)網(wǎng)國際研究院、澳門藥物及健康應用研究院、可持續(xù)發(fā)展研究所、澳門社會和文化研究所、澳門中藥國際標準中心、仲裁與爭議解決研究中心、澳門環(huán)境研究院、澳門金融創(chuàng)新研究中心、澳門電影藝術(shù)研究院、澳門建筑與城市規(guī)劃研究院、澳門創(chuàng)新中藥與產(chǎn)業(yè)化技術(shù)創(chuàng)新中心、智能機器人技術(shù)創(chuàng)新中心、澳門拉丁美洲研究中心、兩岸關(guān)系研究中心、澳門知識產(chǎn)權(quán)服務中心、澳門數(shù)學研究中心
